제 1급 감염병: 생물테러감염병 or 치명률이 높거나 집단 발생의 우려가 커서 발생 또는 유행 즉시 신고하여야 하고, 음압 격리와 같은 높은 수준의 격리가 필요한 감염병: 신고서 제출 전 질병관리청장 / 관할 보건소장에게 구두, 전화로 알려야 함
제 2급 감염병: 24시간 이내 신고 + 격리 필요
제 3급 감염병: 24시간 이내 신고
제 4급: 표본감시활동이 필요

(1) 의사 등의 신고: 소속 의료기관의 장에게 보고하고, 의료기관에 소속되지 않은 경우 관할 보건소장에 보고한다.
① 감염병 환자 등을 진단하거나 그 사체를 검안한 경우
② 예방접종 후 이상반응자를 진단하거나 그 사체를 검안한 경우
③ 감염병환자 등이 제 1급~제 3급 감염병까지에 해당하는 감염병으로 사망한 경우
④ 감염병 환자로 의심되는 사람이 감염병병원체 검사를 거부하는 경우
(2) 그 밖의 신고 의무자
(3) 보건소장의 보고: 신고를 받은 보건소장은 그 내용을 특별자치도지사/시장/군수/구청장에게 보고해야 하며, 보고를 받은 특별자치도지사/시장/군수/구청장은 질병관리청장 및 시도지사에게 각각 보고해야 한다.
(4) 역학조사의 요청: 질병관리청장 및 시도지사에게 역학조사를 실시할 것을 요청할 수 있다.
(5) 해부명령: 질병관리청장은 감염병으로 사망한 것이 의심되는 경우 그 시체의 해부를 명할 수 있다.